申时行思忖，这顾宪成乃言官之首，早已名满天下，更兼吏部文选司郎中，执掌官吏升迁改调，若不压他一头，任他滔滔不绝，难免会再生事端。
申时行此时起身答道：“顾部郎好记性，顾部郎你出身于无锡书香门第，自幼便熟读孔孟之道，忠君爱国，尽公无私。但仅凭一腔热血实乃无济于事，联名上谏无异于逼宫夺权。不然为何公等数年以来为争国本头破血流却毫无建树呢。老夫记得万历十五年你就因上疏申辩措辞不当而被贬为桂阳判官，皇上已经答应册立太子，值此国本确立关键之际，何苦再以身犯险，苦苦相逼？自国本之争开始以来，皇上视朝逐渐减少，不少奏疏留中不发，此皆因言官不加节制措辞所致，皇上宽容大量，国本之事本可商榷，怎料诸位不仅变本加厉，乃至攻击阁臣和各部以及地方府县，闻风言事，尚无细致查据便直接上奏，多少官员因此蒙难，地方政务兵备多有懈怠。”
顾宪成反讥道：“我亦知阁老在维护君臣和睦上苦心熬力，但恕我直言。阁老所为只会纵容皇上一意孤行，削弱言官纠察之能。十三道督察御史与六科给事中为太祖所立，科道设立，监督百官，上谏天子，闻风言事，言者无罪。其必先国而忘家、介直敢言、通晓政务、博古通今。太祖言，治国之道，必通言路。言犹水也，欲其长流。水塞则众流障遇，言塞则上下蒙蔽，监察百官，纠正政务，制衡皇权，规谏君德所谓防患于未然也。”
申时行见顾宪成在此高谈阔论，心生不满，便直言其弊：“科道衙门对于纠正吏治的确效果显著，即使是老夫，无论何事皆被弹劾，更别提皇上。正因言者无罪，言官也有会被利用的弊端存在。严嵩，张居正任首辅之时，虽有闭塞言路之实，但科道之中也有投靠奸党，背弃信念之人，科道言官被利用之例也不胜枚举。望顾部郎多加关注，以免部分科道官员觉察不出自己已成为别人手中的刀剑，反而有害社稷。”此话一出。科道衙门竞相出言反驳，另一边黄洪宪、蔡系周、李春开等人亦不甘示弱。文渊阁内已乱做一团。
时吏部尚书陆光祖出言制止：“我等来此不是为了空言论道，各部尚有诸多公务需要办理，我与于尚书和曾尚书陪同大家来此只为表明一个心迹。同样是心系大明的江山社稷，也是深信皇上英明天纵。只是为免万一再生变故才奉劝内阁有备无患，尽快催促皇上早立国本。若不然便请内阁与我等共同联名上奏！”申时行等人随后好言安抚众人，立誓为确立国本勠力同心，众人随后各自散去。
谁知竟到晚间，申时行之前的密奏被万历帝给予了赞扬的批复，并发还至礼科。以往阁臣密奏从无再发礼科先例，申时行获悉后担心密奏泄露极为害怕，与礼科都给事中胡汝宁协商，派人将密奏取回。当时礼部罗大雄守在礼科，罗大雄对皇上褒奖申时行一事深感疑惑。胡汝宁买通宦官以偷梁换柱之计取回密奏。罗大雄后来察觉有诈，等到罗大雄去找申时行时，申时行却闭门不出。
罗大雄次日上疏并于宫门跪陈：“臣奉守职责却从无政绩，不过待罪从事。独顾念申时行受国家重托，哪知其竟心存二心，贻误国家大事，出卖臣僚，其罪过非语言所能说够。申时行虽在休假，然此前翰林上呈奏疏都将其名列于首位，此次却为何独对储君一事这样避讳？即使陛下震怒，对许国等施加不可测度之威，申时行也应当共同分担过错。更何况陛下并未动怒，他便堵塞言路，动摇国家根本，玩弄权术，摇尾乞怜，阻碍皇上圣断。此为申时行之大罪。假奏疏仅属名许国等人，得到诏可。申时行也会推迟不及吗？可见其出于私心，怕有所牵连，所以表面附和百官请册东宫，暗中却推迟此事，此为结交宫廷之计，若得诏准则可居为首功，不得诏准则可另称为旨趣不同。此等伎俩已于今日败露，请皇上明察。”奏疏上后，随即宫中传出旨意，令贬罗大雄任杂职。
东窗事发，京师哗然！陆光祖和顾宪成指使钟羽正等人合力上疏营救罗大雄，罗大雄因此被即刻贬为平民。各部及科道衙门闻听申时行首鼠两端，大为气愤，给事中黄大效上疏，弹劾申时行表面上赞同群臣立皇长子朱常洛为皇储，却暗中迎合