1. 基础提炼法：适用于所有入门者，通过特定呼吸法、导引术、以及基础的药草辅助，从自然界和自身生命本源中提炼纯净的药灵查克拉。
2. 进阶凝练法：针对已稳固基础者，结合不同体质（如鸣人的阳属性充沛、佐助的阴属性偏胜）和修行目标，有侧重地强化药灵查克拉的某方面特性（如温养、净化、修复、调和），并开始尝试与自身原有的查克拉属性进行初步融合或转化。
3. 高阶共鸣法：涉及与特定天材地宝、自然灵地（如三大圣地）、乃至通过万界医道网络获取的异界良性能量进行深度共鸣，淬炼出更具特质或更精纯的药灵查克拉变体。
第三，应用拓展层：
1. 医疗应用：这是目前最成熟的领域。包括但不限于：
灵针术：以药灵查克拉灌注特制银针，刺激腧穴，疏通经络，调理气血。
导引推拿术：以特定手印配合药灵查克拉，进行体表导引与推拿，治疗筋肉骨骼损伤及能量淤堵。
药灵忍术：将药灵查克拉融入传统的水、土、风等属性忍术中，形成具有治疗、净化、辅助功能的新忍术。
丹道制药：利用药灵查克拉参与药材处理与丹药炼制，提升药效，降低丹毒，开发新型丹药。
2. 战斗与辅助应用：
调和强化：如鸣人所为，用药灵查克拉调和尾兽等狂暴力量，实现稳定强大的输出。
复合属性：如佐助所探，将药灵查克拉与自身属性查克拉进行可控复合，产生特殊效果。
生机护甲/领域：外放药灵查克拉形成具备一定防御力并能缓慢恢复伤势的护甲，或创造小范围的、对己方有利的生命能量领域。
感知与干扰：利用药灵查克拉对生命和能量的高度敏感性，进行超距感知、毒素侦查、能量流干扰等。
3. 生产与生活应用（潜力方向）：
灵植培育：用药灵查克拉滋养农作物或药材，提升品质与产量。
环境净化：缓慢净化受污染的土地和水源。
器物温养：长期用药灵查克拉温养器具，使其更具灵性。
第四，修行阶梯与境界划分（初步提案）：
为方便衡量修行进度与指导进阶，云清参考修仙体系与忍界实际，初步设定了几个大境界（后续可细化）：
开脉境：成功感应并打通第一条正经（通常是手太阴肺经），初步提炼出药灵查克拉。标志是能施展最基础的灵针或导引术。
行气境：打通数条主要经络，药灵查克拉能在体内形成稳定小循环，可较为熟练地应用于医疗或简单辅助。
凝丹境（对应上忍/精英上忍层次）：精气神初步合一，药灵查克拉高度凝练，可离体较长时间存在并精细操控，能独立处理复杂伤势，或初步尝试能量复合。
金丹境（对应影级/超影级）：生命层次跃迁，药灵查克拉与肉身、灵魂深度结合，形成类似“金丹”的能量核心（未必是实体丹，更多是概念），可初步引动自然能量共鸣，施展大范围治疗或领域技能，能量复合应用成熟。
元神境/天人境（对应六道级/触及规则）：灵魂化为“元神”，与天地规则（尤其是生命、治疗相关规则）产生感应，药灵查克拉开始具备部分规则特性，可进行更深层次的能量创造与转化，触及生命的本源奥秘。（此境更多是理论推演和长远目标，目前忍界无人达到）
云清的阐述条理清晰，层层递进，将过去一年多看似杂乱无章的探索，全部纳入了一个宏大而严谨的框架之中。他不仅指出了现有成就，更指明了未来发展方向和潜在瓶颈，尤其是针对鸣人、佐助这种特殊案例，以及小樱提出的微观能量难题，都给出了初步的理论解决思路或研究方向。
大厅内鸦雀无声，所有人都在疯狂记录、思考、消化这海量的信息。他们感觉一扇全新的大门在眼前彻底打开，之前许多模糊的地方变得清晰，许多困惑的地方找到了方向。
“以上，便是‘中医查克拉体系’的总纲与初步框架。”云清最后道，“此非定论，而是一个开放的、有待诸位与后来者不断充实、修正、完善的‘活’的体系。总院将成立专门的‘体系发展与标准制定委员会’，由纲手院长牵头，吸纳各部门精英，负责细化各境界标准、完善修行法门、制定应用规范、并定期修订《体系总纲》。”
“我期望，此体系不仅能造福忍界，更能通过万界医道网络，与诸天万界的其他医疗、修行体系交流互鉴，最终成为一条真正通向生命圆满、文明共荣的大道之一。”
话音落下，短暂的寂静后，雷鸣般的掌声响彻整个论道大厅！所有人都激动不已，他们知道，从今天起，“中医查克拉体系”将正式载入史册，成为忍界文明蜕变的里程碑，而他们，都是这一伟大体系的奠基者与见证者！
会议结束后，云清被热情的众人围住请教良久，才在纲手的“驱赶”下得以脱身。