随着动力系统的崩溃，黑暗扭曲炮停止发射，旗舰也失去了战斗力。“暗影掠夺者”首领见大势已去，企图逃跑。萧刻奥特曼岂能让他得逞，他紧紧追着首领的飞船，在一片小行星带中将其逼停。“暗影掠夺者”首领负隅顽抗，释放出最后的黑暗力量攻击萧刻奥特曼。萧刻奥特曼用“智慧守护护盾”抵挡攻击，然后用“平衡守护之光”将其彻底击败。
解决了“暗影掠夺者”的危机后，萧刻奥特曼继续他的宇宙守护之旅。在一次探索任务中，他发现了一个神秘的宇宙现象。在一个遥远的星系，所有的星球都开始出现异常的能量波动，这些波动相互影响，形成了一个巨大的能量旋涡。这个能量旋涡不断吸收周围的星球和宇宙物质，其规模和力量还在持续增长。
萧刻奥特曼立刻向ZAF部队报告了这一情况，科学家们通过分析发现，这个能量旋涡是由一种未知的宇宙力量引发的，它可能会对整个宇宙的平衡造成严重威胁。萧刻奥特曼决定深入能量旋涡，探寻其根源，阻止这场危机的进一步恶化。
当他靠近能量旋涡时，感受到了一股强大的吸力。这股吸力试图将他卷入旋涡中心，同时还有各种强大的能量流不断冲击他。萧刻奥特曼开启“智慧守护护盾”，并利用“宇宙平衡器”的力量与吸力和能量流对抗。在艰难地靠近旋涡中心的过程中，他发现旋涡中隐藏着一个神秘的物体。
这个物体散发着诡异的光芒，周围环绕着神秘的符文。萧刻奥特曼猜测，这个物体可能就是引发能量旋涡的罪魁祸首。他小心翼翼地靠近物体，就在他快要接触到物体时，物体突然释放出一道强大的能量脉冲，将他击退。萧刻奥特曼没有放弃，他再次集中力量，运用“平衡守护之光”对物体进行攻击。
在攻击的过程中，萧刻奥特曼发现物体上的符文似乎在不断变化，这些符文与他在之前探索宇宙遗迹时发现的古老文字有相似之处。他回忆起那些古老文字所蕴含的知识，尝试与物体进行沟通。他集中精神，将自己的意识与“宇宙平衡器”的能量相结合，传递出和平与平衡的信息。
奇迹发生了，物体上的符文停止变化，能量脉冲也逐渐减弱。萧刻奥特曼趁机再次靠近物体，发现物体的表面出现了一个入口。他进入物体内部，看到了一个巨大的能量核心。这个能量核心正在不断地吸收和转化周围的能量，导致了能量旋涡的形成。
萧刻奥特曼意识到，要停止能量旋涡，必须关闭这个能量核心。他运用“宇宙平衡器”的力量，试图调整能量核心的能量流动。在这个过程中，他遭遇了一系列的挑战，能量核心释放出各种强大的能量攻击他。但萧刻奥特曼凭借着坚定的信念和强大的实力，一次次克服困难。
经过一番艰苦的努力，萧刻奥特曼终于成功关闭了能量核心。随着能量核心的关闭，能量旋涡逐渐消散，周围的星球也恢复了正常的能量波动。这场危机得以解除，萧刻奥特曼再次成为了宇宙的英雄。
然而，宇宙中的危机总是接连不断。在另一个星系，一种名为“腐蚀病毒”的可怕生物开始蔓延。这种病毒能够侵蚀星球的防御系统，将星球上的一切物质转化为自己的能量来源，被感染的星球很快就会失去生机。“腐蚀病毒”以惊人的速度传播，许多星球陷入了危机之中。
萧刻奥特曼得知消息后，立刻前往受感染的星系。他发现“腐蚀病毒”的传播速度极快，常规的攻击手段对其效果甚微。萧刻奥特曼决定利用“宇宙平衡器”的特殊能力，尝试寻找对抗“腐蚀病毒”的方法。
他首先用“宇宙平衡器”扫描“腐蚀病毒”，分析其结构和传播方式。经过研究，他发现“腐蚀病毒”对某种特定频率的能量波十分敏感。于是，他利用“宇宙平衡器”调整自身能量频率，释放出这种特殊的能量波。能量波所到之处，“腐蚀病毒”的活性受到抑制，传播速度也大大减缓。
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但“腐蚀病毒”并没有被彻底消灭，它们开始聚集在一起，形成了一种强大的“病毒聚合体”。这个聚合体拥有强大的防御力和攻击力，能够释放出腐蚀性的能量攻击萧刻奥特曼。萧刻奥特曼开启“智慧守护护盾”抵挡攻击，同时思考着应对之策。
他发现“病毒聚合体”虽然强大，但它的能量来源仍然是被感染的星球物质。萧刻奥特曼决定从源头入手，利用“宇宙平衡器”的力量净化被感染的星球。他将“宇宙平衡器”的能量扩散到整个星球，平衡器释放出的能量与“腐蚀病毒”的能量相互对抗，逐渐净化了星球上的病毒。
随着星球的净化，“病毒聚合体”的力量逐渐减弱。萧刻奥特曼趁机发动攻击，他将“平衡守护之光”和“正义裁决之光”交替释放，不断削弱“病毒聚合体”的防御。经过一场