在m78星云欢庆胜利的氛围中，萧刻奥特曼却丝毫没有放松警惕。他深知，暗黑魔神巴尔坦虽已被消灭，但残余势力的存在就像一颗随时可能引爆的炸弹，给宇宙和平带来潜在的威胁。萧刻奥特曼带领着科研团队，对战场上遗留的黑暗能量进行研究，试图从中找到黑暗势力的弱点，以便应对未来可能出现的危机。
在研究过程中，科学家们发现这些黑暗能量具有一种奇特的自我修复能力。即使被打散，只要还有一丝残留，在特定条件下就能重新聚集并恢复力量。这一发现让萧刻奥特曼意识到，简单的消灭方式并不能彻底根除黑暗势力。他们必须找到一种能够完全净化黑暗能量的方法。
与此同时，在宇宙的边缘地带，巴尔坦的残余势力正在秘密集结。他们的首领是巴尔坦曾经的得力助手——黑暗巫师摩格。摩格拥有强大的黑暗魔法，他一直对巴尔坦的失败耿耿于怀，发誓要为其复仇。摩格召集了一群同样心怀怨恨的黑暗生物，开始策划一场更大规模的阴谋。
摩格通过黑暗魔法得知，在宇宙的深处有一颗神秘的星球，名为“黑暗之源”。这颗星球蕴含着无尽的黑暗力量，如果能够掌控它，就能拥有足以摧毁整个宇宙的实力。摩格决定带领他的手下前往黑暗之源，寻找强大的黑暗力量，向萧刻奥特曼和m78星云发起复仇之战。
萧刻奥特曼通过星际监测系统察觉到了宇宙边缘的异常能量波动。他意识到，黑暗势力可能正在酝酿新的阴谋。为了阻止他们，萧刻奥特曼决定再次踏上征程。他告别了m78星云的人们，独自向着宇宙边缘飞去。
在飞行途中，萧刻奥特曼遭遇了一群黑暗战士的袭击。这些黑暗战士是摩格派出的先遣部队，他们的任务是拖延萧刻奥特曼的行动。萧刻奥特曼毫不畏惧，他与黑暗战士们展开了激烈的战斗。他运用各种光线技能和格斗技巧，将黑暗战士们一一击败。
然而，在战斗中，萧刻奥特曼发现这些黑暗战士的力量比之前遇到的更加诡异。他们的攻击不仅具有强大的破坏力，还能削弱萧刻奥特曼的光之力。萧刻奥特曼意识到，这可能是黑暗势力新研发的一种黑暗能量技术。他必须尽快找到应对之策，否则将陷入危险之中。
经过一番苦战，萧刻奥特曼终于摆脱了黑暗战士的纠缠。他继续向着宇宙边缘飞去，终于抵达了黑暗势力的集结地。在这里，他看到了摩格和他的手下正在准备前往黑暗之源的飞船。
萧刻奥特曼毫不犹豫地冲了上去，与黑暗势力展开了一场决战。摩格看到萧刻奥特曼出现，露出了狰狞的笑容。他挥动手中的黑暗魔杖，召唤出各种黑暗魔法生物，向萧刻奥特曼发起攻击。
萧刻奥特曼与这些黑暗魔法生物展开了殊死搏斗。他发现，这些魔法生物的攻击方式千奇百怪，让人防不胜防。但萧刻奥特曼凭借着顽强的意志和强大的实力，逐渐占据了上风。
在战斗中，萧刻奥特曼发现摩格的黑暗魔杖是他力量的源泉。只要摧毁这根魔杖，就能削弱摩格的实力。于是，萧刻奥特曼集中力量，向摩格的黑暗魔杖发起了攻击。
摩格察觉到了萧刻奥特曼的意图，他全力保护自己的魔杖。他不断地施展黑暗魔法，试图阻止萧刻奥特曼的进攻。但萧刻奥特曼毫不退缩，他一次次地发起攻击，终于成功地击中了摩格的黑暗魔杖。
随着一声巨响，黑暗魔杖被摧毁，摩格的力量瞬间减弱。他的手下们看到首领失利，纷纷陷入了恐慌之中。萧刻奥特曼趁机发动最后的攻击，将黑暗势力彻底击败。
然而，就在萧刻奥特曼以为危机已经解除的时候，他突然感觉到一股强大的黑暗力量从宇宙深处传来。他意识到，黑暗之源可能已经被激活，一场更大的危机即将降临。萧刻奥特曼决定前往黑暗之源，阻止黑暗力量的爆发，拯救整个宇宙。
萧刻奥特曼朝着黑暗之源全力飞去，一路上宇宙的星光在他身旁划过，却无法驱散他心中的凝重。那股从黑暗之源传来的强大黑暗力量，如同一股无形的压力，让他的飞行都变得艰难起来。
在接近黑暗之源的途中，萧刻奥特曼遭遇了更为诡异的现象。空间仿佛被扭曲，一道道黑色的裂缝不断出现，从中涌出各种黑暗能量体。这些能量体没有固定的形态，却能精准地攻击萧刻奥特曼，每次碰撞都让他感到一阵寒意，光之力也在持续消耗。
萧刻奥特曼深知不能被这些能量体拖住，他集中精神，双手交叉在胸前，释放出“光棱护盾”。这层护盾散发着强烈的光芒，将周围的黑暗能量体全部抵挡在外。在护盾的保护下，萧刻奥特曼加快速度，终于抵达了黑暗之源所在的区域。
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眼前的黑暗之源，是一颗巨大而扭曲的星球。它表面不断翻滚着黑色的雾气，巨大的黑色山峰从星球表面突兀地耸立