此时，石崛光彦和尉迟伊浩终于来到黑暗能量核心旁。他们发现核心周围有一层能量护盾，而且护盾上的能量波动与神秘使者的黑暗权杖频率一致。尉迟伊浩尝试用特殊能力去干扰护盾的频率，石崛光彦则准备好武器，等待护盾出现破绽时发动攻击。
经过一番努力，尉迟伊浩成功干扰了护盾的频率，护盾出现了短暂的薄弱点。石崛光彦毫不犹豫地发射出最强力的能量弹，能量弹击中核心，核心开始摇晃，周围的黑暗能量出现紊乱。神秘使者感受到核心的变化，变得更加疯狂，他不顾一切地对萧刻奥特曼发动攻击，试图突破萧刻奥特曼的防线，去阻止石崛光彦和尉迟伊浩。
萧刻奥特曼咬紧牙关，凭借顽强的意志和强大的信念，坚守防线。他集中体内所有能量，施展出“灵能裁决冲击”，这是他在修炼“混沌之源”力量时领悟到的新技能。技能发动，一道充满灵能的冲击波冲向神秘使者，神秘使者被冲击波击中，身体出现短暂的停滞。
石崛光彦和尉迟伊浩抓住这个机会，加大对黑暗能量核心的攻击力度。核心的能量波动越来越不稳定，最终发生了爆炸。随着核心的爆炸，神秘使者的力量被大幅削弱，他发出一声绝望的怒吼。萧刻奥特曼趁机发动最后一击，他与石崛光彦、尉迟伊浩的力量再次汇聚，形成一道强大的光芒，直接命中神秘使者。神秘使者在光芒中灰飞烟灭，周围的黑暗雾气和黑暗生物也随之消散。
解决了这里的危机后，萧刻奥特曼等人对这颗星球进行了全面检查，确保没有残留的黑暗力量。他们发现这颗星球原本是一个充满生机的星球，却因为黑暗势力的入侵变得满目疮痍。萧刻奥特曼决定利用“混沌之源”的力量帮助这颗星球恢复生机。他引导“混沌之源”的力量，将其转化为治愈能量，注入星球的土地和海洋。在治愈能量的作用下，星球上的伤痕逐渐愈合，植被开始重新生长，海洋也恢复了清澈。
完成对这颗星球的修复后，萧刻奥特曼三人回到地球。他们的事迹再次传遍宇宙，更多的人受到他们的鼓舞，加入到守护宇宙的队伍中。然而，萧刻奥特曼知道，黑暗势力不会轻易放弃，新的危机随时可能降临。
在之后的日子里，萧刻奥特曼继续深入研究“混沌之源”的力量，他发现通过特定的能量引导方式，可以将“混沌之源”的力量与奥特曼的光线技能完美融合，从而创造出更强大的攻击技能。石崛光彦和尉迟伊浩则不断改进武器装备，他们研发出了一种新型的能量铠甲，这种铠甲不仅能为使用者提供强大的防御力，还能增强其攻击能力，并且可以根据不同的战斗环境自动调整形态和功能。
与此同时，在宇宙的边缘，一个神秘的黑暗组织正在秘密集结。这个组织由一群对黑暗力量极度痴迷的科学家和战士组成，他们掌握着一种古老而邪恶的技术——“暗影裂变”。这种技术可以将黑暗能量压缩并裂变，产生出无比强大的破坏力，足以摧毁整个星系。
这个黑暗组织得知萧刻奥特曼等人多次破坏他们同类的计划，对他们怀恨在心。他们决定以一颗繁华的星球作为试验品，展示“暗影裂变”的威力，同时向萧刻奥特曼等人发出挑战。他们在那颗星球的核心植入了“暗影裂变”装置，启动倒计时，准备在萧刻奥特曼等人赶到之前完成试验。
萧刻奥特曼等人通过宇宙监测系统发现了这一情况，他们立刻驾驶飞船前往受威胁的星球。在途中，他们遭遇了黑暗组织派出的强大舰队的拦截。这支舰队由各种先进的黑暗战舰组成，战舰上配备了强大的黑暗能量武器，火力十分凶猛。
萧刻奥特曼率先变身迎敌，他释放出与“混沌之源”融合的光线技能——“混沌裁决之光”。光线所到之处，黑暗战舰纷纷被摧毁。石崛光彦和尉迟伊浩驾驶着装备新型武器和能量铠甲的飞船，与黑暗战舰展开激烈战斗。他们利用飞船的机动性和武器的优势，巧妙地躲避敌人的攻击，并给予敌人沉重的打击。
然而，黑暗舰队的数量众多，而且他们的战舰在被摧毁后，会释放出一种自爆能量，对周围的一切造成巨大的破坏。萧刻奥特曼等人在战斗中面临着巨大的压力。在战斗过程中，萧刻奥特曼发现黑暗战舰之间似乎存在一种能量链接，通过这种链接，它们可以共享能量和信息。
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他将这个发现告诉石崛光彦和尉迟伊浩，三人决定集中力量攻击黑暗舰队的指挥舰。只要摧毁指挥舰，就能打破这种能量链接，削弱黑暗舰队的战斗力。石崛光彦驾驶飞船，利用飞船上的隐形装置，悄悄靠近指挥舰。尉迟伊浩则在一旁提供火力支援，吸引其他战舰的注意力。
当石崛光彦靠近指挥舰后，他发射出飞船上最强大的武器——“量子毁灭炮”。指挥舰被击中后，发生了剧烈的爆炸，黑暗舰队的能量链接瞬间被打破