危急之时，居间惠体内的幽怜基因在遗迹的作用下苏醒，出手封印了遗迹，挡住了佐加们和三大黑暗巨人的去路。
另一方面，大古正在和丽娜一起旅行恋爱，他们即将步入婚姻的殿堂。
然而，在遗迹事件发生后，大古却经常会出现很离奇的梦和幻觉。
比如，大古带着丽娜，和野瑞以及新城的妹妹真由美一起去海洋馆游玩。
交谈时，大古说到自己正在发放婚礼请柬，却在耳边听到了卡蜜拉的声音，转头看到卡蜜拉笑着问他，为什么不给她也发一份请柬？
紧接着，三大黑暗巨人和无数小型佐加前来摧毁城市。
大古想去阻止，却发现自己已经不再是迪迦奥特曼了。
这时，他在地上看到了一个黑色的神光棒。
大古虽然奇怪，但为了救人，还是将其拿了起来。
没想到，他却变成了黑暗迪迦！
卡蜜拉等三名黑暗巨人也适时出现，呼唤他回到他们一起。
迷茫之际，他听到了一个拿着红气球的小女孩的求救声。
黑暗迪迦一开始想要帮助小女孩，可小女孩的尖叫声却使得黑暗迪迦内心变得暴躁，最后救人的手变成了杀人的拳。
一拳下去，只有一个气球慢慢飘起......
大古清醒过来后，才发现原来这只是一个梦境。
晚上，大古和丽娜去坐摩天轮。
却再次听到了卡蜜拉的声音，而且发现对面坐着的居然是卡蜜拉！
深受困境所扰的大古这时得知了居间惠队长失踪的消息，向宗方请战，却遭到了拒绝。
于是他前往TPC仓库寻找幽怜留在地球的时光机器（迪迦奥特曼刚开始出现并喊出大姑熬成汤的那个），并从中看到了黑暗迪迦和卡蜜拉、达拉姆以及希特拉一起破坏世界的影响。
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时光机器也因此自毁了。
就在这时，卡蜜拉、达拉姆和希特拉的人间体出现，攻击了大古。
随后，她告诉了大古真相。
3000万年前，地球上生活着很多的巨人。
他们在击倒了所有敌人之后，为了利益而开始了内战。
最后，只剩下他们四人称霸世界。
然而，黑暗迪迦却在幽怜的劝说下弃暗投明，将达拉姆的力量、希特拉的速度以及卡蜜拉的黑暗力量夺走，并封印了他们。
卡蜜拉依然深爱着黑暗迪迦，同时也希望能打破幽怜的结界称霸世界，所以将黑暗神光棒交给大古，希望他能变回从前的样子回到她身边。
三个黑暗巨人的人间体消失后，一直在外偷听的丽娜冲了进来，只看到晕倒的大古和地上的黑色神光棒。
昏迷中，大古的意念来到了露露耶。
幽怜告诉大古。
在三大黑暗巨人复苏时，他放出了结界阻止了他们。
但结界的寿命只有100年。
而如果大古拿起黑暗的力量变身，结界则会瞬间消失。
人类的命运会如何，只能自己去寻找答案。
大古随后醒来，向丽娜道歉，并决定出发去露露耶救居间惠队长，同时，也是了结这一段3000万年前的恩怨。
于是，大古穿上胜利队的制服，登上飞燕1号，重新化身为wang牌飞行员，来到了露露耶。
露露耶岛，从表面上看，就是一座怪石嶙峋的荒岛。
上面几乎没有什么绿色植物。
不过这也不奇怪，毕竟两年前这里还发生过一场惊天动地的大战。
它也是在那之后才从海底升上来的，植物自然不可能这么快生长出来。
大古驾驶着飞燕1号找到海岸边，缓缓降落。
飞燕1号虽然是超音速战机，但却是三轴并发的飞行模式，不仅可以推进式飞行，还可以上下起落，适用于任何复杂地形。
从飞机上下来后，大古却发现有一个奇怪的男人站在他的面前。
那是一个看起来大概只有二十来岁的男子，他身上散发出一种很好闻的气息，让大古不由地升起好感。
“请问你是？”
一开始大古还以为他是失踪的那些考察队的队员之一，不过看到他身上的服装还有精神状态，他就否决了这个想法。
考察队队员失踪都是一个星期以前的事情了，哪怕是还活着，也断然不可能有这样的精神面貌的。
而且，他总有种感觉，对方似乎是在等他过来。
“可以把你身上的黑暗神光棒给我看看么？”李木微笑道。
“你是什么人！”
说出这句话的，却不是大古，而是刚从露露耶的洞穴中走出来的卡蜜拉。
达拉姆和希特拉跟在她身后，一瘦一胖，宛如两个门神。
“我？我只是一个普普通通的旅行者而已。”李木摆摆手，