但是说到底，这两个官职实际上是一回事儿。
明代的山西是个略微有些特殊的地方，这个时期的山西在行政上是一个单位统归山西承宣布政使司管。但是后来因为巡抚制度的出现，所以巡抚衙门逐渐取代了承宣布政使司成为一省的最高领导人。
然而最高长官变了，行政区划却没变。明代的山西还是一个完整的省。
不过在军事上就不是那么回事儿了。
明代一省有所谓的三司制度，也就是承宣布政使司、提刑按察使司和都指挥使司。
这三个衙门各字分管行政、司法和军事，互不统属且互为平级单位。
自巡抚衙门建立之后，因为巡抚往往有提督军事的权力，所以基本上这三个司的权力巡抚都可以行使。
可是在山西这边就不是三司这么简单了，因为在山西除了一个在太原的山西都指挥使司之外，在大同还有一个山西行都司。这两个单位也是平级单位，各自掌管山西约一半地区的防务。
然而，在巡抚之前还有一个已经渐渐成型的总兵制度，这两个制度一重合就有些乱了。
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