李如桢附和：“沈阁老所言极是。内阁为大明中枢，阁老也十分辛劳。”沈一贯说道：“说来惭愧，现次辅居家，首辅患病，内阁中亦只有老夫独力苦撑，凡事难保周全稳妥。皇上日理万机，于宫中不辞辛劳料理天下大事，却总有一些官员自命清高，屡次对皇上横加指责。每想到此处总感有愧皇恩，现在倒有一些云南、湖北、山东、安徽、浙江等籍在京的官员对此嗤之以鼻，愿助皇上匡扶朝纲，得知还有如此忠君护国之臣，老夫也深感慰藉。都是为大明江山社稷着想，何谈辛劳。也罢，今言尽于此，祝指挥同知尽快破案以平复人心。”
时东厂正汇总排查京中官员言行记录暂无收获，陈矩密令东厂乔装改扮于京中四处搜寻传单印制来源，借此查证与京中官员有无关联。而这传单印制之处竟有十几所之多，皆为化名朱东吉之人定制，且样貌来历极为模糊混乱，形象不一，到访时间却又大致相同，可见绝非一人。为免打草惊蛇，陈矩下令不得声张，严密监视，秘密排查。
后戴士衡及樊玉衡被锦衣卫北镇抚司秘密抓捕，由锦衣卫新任镇抚使骆思恭审问之后，戴士衡只承认其准备弹劾吕坤之事确曾与张位提及，至于妖书是否为戴士衡所作及其他相关事宜，戴士衡力辩不知，直呼喊冤。恰巧御史赵之翰上疏弹劾张位并称其为妖书案之幕后主谋，指斥激烈连翻旧账，百官哗然。
陈矩得报心中一惊：“这妖书案与张阁老有何关联？张阁老虽支持册立皇长子，但绝非用此阴谋诡计之人。只因居家期间与嫌疑人等有所接触？牵强附会，刻意攀扯。竟还掀出收受贿赂包庇杨镐，招权示威的旧事，此事早已过去如今又被翻出来是为借此激怒主子，用心险恶，必是有人指使。妖书案主谋尚未查出，竟又有人借此打压异己，趁乱取利。”
宦官称御史赵之翰为何人所指示眼下难以得知，也不见其曾与谁联络，东厂一时间还未来及细查。陈矩分析道：“张阁老本已被弹劾停职，是谁欲逐之而后快，此事不难猜出。即便查出真相也恐徒添乱事，但或可为将来所用，既有指使则必有暗中联络痕迹，我会密令东厂暗中细查，只是这张阁老此次必定百口莫辩了。”
另一边李如桢得知张位再遭弹劾之后却丝毫不感意外，骆思恭问道：“审问戴士衡时您令我就与张阁老之关联细加确认，当时属下颇感不解，如今看来莫非是与此弹劾有关？”
李如桢答道：“你这话是何意？我们不是早就查到这些嫌疑人等在那期间曾多次出入张阁老府中么，既然有所涉及自然应当查证。现虽有言官再度弹劾，但张阁老是否为主谋我们并无证据，阁老却也仍难逃嫌疑，事关重大如今又涉及阁臣，皇上此时应该也在等着我们，现应如实回奏请皇上圣断。你收拾一下随我进宫。”骆思恭领命。
李如桢领北镇抚使骆思恭前来回奏，万历帝一时间也不知该如何是好。李如桢请罪：“臣无能，现仍未查出主谋之人，而张阁老即便并非主谋，但其早知戴士衡将以《闺范图说》上疏弹劾却向皇上隐瞒，且张阁老府中出入不少官员，恐也会不慎有所泄露，臣以为张阁老在此时中恐也难辞其咎。”
万历思前想后，最终决定到此为止，准备自行决断，令李如桢及骆思恭等退下不得再提此事。万历随后发出谕旨，声明《闺范图说》为万历挑选，因与《女鉴》主旨相符，故亲赐郑贵妃以备朝夕阅览。朝中百官一时间不知所措，难以相信。万历谕旨解释过后便又下旨将戴士衡及樊玉衡下狱刑讯，以结党造书、妄指宫禁、干扰大典、惑世诬人为罪分别贬戍广东廉州、雷州之地。吕坤已患病致仕，万历则为吕坤正名洗冤。而内阁次辅张位则被万历帝再以杨镐之事罢官为民，令其归乡。
张位罢官，赵志皋养病，眼下内阁之中便只有沈一贯一人独相，不少官员借出入公办对其慰劳温暖。沈一贯虽对万历帝关于妖书案的结论感到惊异，但毕竟张位果然因此牵连离京，心中畅快，拱手婉谢对来人说道：“诸位所言差矣，次辅离去，首辅重病，老夫有锥心之痛，如今这内阁事务一力承担，可谓千斤重担唯恐辜负圣恩。何来欢喜呢？在新任阁臣补入之前，各部事务更加不可懈怠，至于阁臣人选皇上自有主张，我等臣子平时多加留意就是。总之这段时日还需仰仗诸位鼎力相助，老夫感激不尽。”
赵志皋闻听张位罢官，特请入府中送别，张位见赵志皋已有病态，手足无力，不敢使赵志皋相迎，连连婉拒并请赵志皋卧床相谈。赵志皋问其归乡之后作何打算？张位说道：“如今已为闲云野鹤，再无朝政叨扰，回乡之后我打算隐居于南湖之上，筑一处闲云馆，藏书万卷，与汤显祖、刘应秋等以文会友。再与门徒、寺僧伴游西山，吟诗作乐，此等闲情实为我之所愿。只是委屈汝迈你还要抱病坚守内阁，主持朝中事务