丁应泰向邢玠询问为何不亲自上疏言明此事？邢玠说道：“我为蓟辽总督加衔兵部尚书与经略之间在此事上其实多有不便，且已与杨镐联名上奏，事后再上疏自辩恐反惹污名，身在千里之外如何能敌朝堂悠悠之口。位列封疆，执掌兵权，怎会不引人顾忌。但你丁主事则不同，除参与谋划兵事之外更有监察军务之责，由你上疏才更为合适。”丁应泰领会。
杨镐则与麻贵联署《东师奏报》称阵亡千把总官张应元等二十一员，军兵青打哈等七百七十名。阵伤回营身故官六员，病伤回营陆续身故军兵张四等八百一十七名，轻伤军官麻代等二千九百员。走伤阵死战马两千三百匹，在阵弹伤倒死两百一十三匹。
司礼监首席秉笔太监陈矩身兼提督东厂，得到密报后便先与锦衣卫核实，与锦衣卫提督王之祯、指挥同知李如桢一道取出丁应泰奏疏后入宫面圣。万历皇帝正饮酒独乐，司礼监掌印田义报陈矩、王之祯、李如桢等请见。万历帝召入问何事请见？陈矩呈上奏疏说道：“东厂呈报备倭经略杨镐蔚山大败，却执意讳败为胜，胁迫总督邢玠及备倭总兵麻贵联名报捷，此为呈报详情，另有杨镐及丁应泰的奏疏请主子御览。”
锦衣卫提督王之祯奏道：“锦衣卫也有密报，丁应泰弹劾杨镐虚誉欺人，只知空谈实无帅才，欺君罔上，谎报大捷，欺瞒伤亡明细，共列罪二十八款并弹劾张位、沈一贯两位阁臣蓄意包庇。据在朝鲜的锦衣卫暗查应为属实，此事事关重大，有污圣名，臣等无不心惊，还请皇上明察。”
万历帝急将奏疏拿来细细察看，深恨杨镐，并对内阁行径极为失望：“看起来这杨镐真是胆大妄为，张位、沈一贯竟也与其狼狈为奸。还什么为战事而夺情留用，下旨嘉奖，朕怎么不知有让内阁拟此旨意？”
锦衣卫指挥同知李如桢奏道：“皇上，如此看来定是内阁未经皇上允许擅自草拟圣旨等待时机，擅权行事，揣摩圣意，包庇罪臣亦有结党之嫌。但依臣看来此事阁臣应是为杨镐所蒙骗，杨镐身负重任，平日也以忠贞智勇为世人称道，内阁也难保不得不对杨镐有所迁就，即便如此，内阁行事也过于不当。”
万历帝问道：“李如桢，朕听闻杨镐与你家十分要好，在丁应泰的弹劾中可也涉及到了你的五弟李如梅。”李如桢奏答：“回皇上，臣已看过，辽东李氏与杨镐非亲非故，也无书信往来。只是杨镐有意亲近，家父与杨镐从未谋面，兄弟之中也惟有五弟如梅曾与杨镐一道共击胡虏。那杨镐为让五弟立功而鸣金收兵，实为杨镐一厢情愿，擅权行事以作私交，并非我五弟之意，还请皇上明察。”
王之祯进言：“这杨镐还真是最该万死，屡受皇恩，累官升迁，在汉阳和稷山处事妥当，本以为又将是一精干之臣可为皇上分忧，谁曾想竟是如此不堪，工于心计，竟敢欺君罔上！罪当问斩！”陈矩补充道：“好在此事在军中只有杨镐一人自作主张，否则牵连治罪，军心不稳，必给倭寇以可乘之机。”
司礼监掌印田义再请治杨镐欺君之罪并令张位、沈一贯入宫接受勘问。万历帝对杨张沈三人的行径虽怒气难平，但此事牵连内阁，对万历帝来说实在左右为难。杨镐治罪事小，严惩内阁则难以抑制百官，施以薄惩也难以服众。为妥善处置，万历帝将此事暂留中不批，以等待内阁首辅赵志皋上疏调解，转移矛盾。
此时内阁之中张位与沈一贯二人也已尽知此事，怨愤难平。张位怒骂杨镐胆大妄为，不堪为臣，久久不能平静。沈一贯说道：“如今杨镐治罪事小，我等阁臣恐大祸临头，揣摩圣意、私拟圣旨、包庇罪臣、受贿结党这任何一项都是大罪，都是被杨镐这小人牵连。”
“此事其中内情，他们不知，并非是内阁擅权行事，与结党营私更无关联。但此事不好申辩，那些言官都会争着上疏弹劾。”张位叹道。
沈一贯自语：“弹劾我们的事要说是事实倒也是事实，难就难在这里。不过此事牵连内阁，皇上想必也是左右为难，我猜测皇上现在也在想法设法为我们遮羞，此次应当有惊无险。”
张位怒道：“又在揣摩圣意！如今大错铸成，不思悔过请罪，还在这里侃侃而谈，哪里有阁臣该有的样子！如此做派又怎能为皇上分忧！”
沈一贯笑答：“那照次辅所言，此次我们应当痛陈己过，奏请引咎去职，弃皇上于不顾！皇上令我们担任阁臣为的是什么！为的是平衡朝局，助皇上梳理天下。”
张位指责道：“沈阁老真是大义凛然啊，显得我倒小气了。举荐杨镐的是你，你沈阁老空有满腹经纶，政务才干。却任人唯亲、玩弄心计、贪权受