他利用或有或无的罪名对那些较小较弱的藩王采取了削藩的行动。
周王朱橚是第一个倒台的，接着另外四个王子也垮了下来：代王朱桂、湘王朱柏、齐王朱榑，以及岷王朱楩。一年之内，这五个举足轻重的藩封被废，燕王便成了下一个目标。
朝廷承认他是最棘手的敌人，因此在行动上很小心谨慎，没有冒然动手，可是，这样一来反而给了燕王集结部队和作准备的时间。
第一个为朱允炆出谋划策，就是黄子澄。
黄子澄，他是分宜澧源人。
洪武十八年，公元1385年中会试第一，殿试第三。
朱元璋命他伴读东宫，累官至太常寺卿。
他曾与皇太孙朱允炆谈论削藩之事。
朱允炆问黄子澄：;诸叔藩王皆拥重兵，如有变端，怎么办？;
黄子澄答道：;诸王仅有护兵，只能自守，倘若有变，可以以六师监之，谁能抵挡？汉朝七国不可谓不强，最后还是灭亡了。大小强弱之势不同，而顺逆之理更相异啊！;
朱允炆认为他说得对，对黄子澄非常尊敬，每次称呼他，必尊称为黄先生。
黄子澄用七国之乱做例子，是和朱允炆继位后的情况很像，可惜的是，黄子澄没有想一想，朱允炆这一边有没有周亚夫这样的将领。
朱允炆认为黄子澄就是帮助自己治理天下的贤臣，当下任命黄子澄兼翰林学士之职，与齐泰同参国政，共谋削夺藩王权。
齐泰打算首先向燕王朱棣动手，但黄子澄有不同意见，认为周、齐、湘、代、岷诸王，在先帝时候，就做了很多不法之事，削之有名。现在想要问罪，应该先从周王开始。
周王是燕王的母弟，削周是剪除燕王的手足。
事实证明，黄子澄真是迂腐，因为他主次不分！要是先收拾朱棣的话，说不定出其不意，还有一丝胜算。
朱允炆是和黄子澄一样没有见识的人，所以，他采取了黄子澄的意见，把周王等五个藩王先后削藩了。
朱允炆又用黄子澄和齐泰的计谋，调走燕王手下精兵，又在燕王府所在地北平一带调动军队以监视燕王。
朱棣见了，当下向朝廷告病。过了一段时间，又说病得越来越重，俨然要病危的样子。
朱棣这场病，当然不是真病，而是酝酿了相当长时间的装病。
他很清楚，在即将到来的五月，有一件他不想做却又不得不做的事情。
那就是，五月，是明太祖朱元璋的忌日，按照礼制，朱棣应该自己前去祭祀。
但是，朱棣敏锐地感觉到如果这次再去京城，可能就回不来了。
可是，父亲的忌日不去，那也是不行的。
他在为难之时，一方面装病，另一方面，派出长子朱高炽及另外两个儿子朱高煦、朱高燧代替他祭拜。
他一下子派出三个儿子，除了表示自己重视此事外，另一个目的就是告诉朝廷，自己没有异心。
实际上，这时的形势已经很明显，朱允炆摆明了就是要除掉藩王。
朱棣把自己的三个儿子，全部派入京城，简直就是送去作人质。
他的这个做法，可见是个忍人，为了谋大事，连儿子也不顾了！
朱高炽三兄弟一入京，兵部尚书齐泰就劝朱允炆立刻将此三人扣为人质。
朱允炆本也表示同意，但黄子澄竟然认为这样会打草惊蛇，应该把这三个人送还燕王，表明朝廷并无削藩之意，以麻痹燕王。
朱允炆拿不定主意。
此时，魏国公徐辉祖出来说话，他说，按亲戚关系算，这三个人都是他的外甥，他看着此三人长大，十分了解此他们的品行。他说完这话，又对朱允炆进言说：绝对不能放这三个人回去！因为此三人不但可以作为人质，而且都身负大才，如若放虎归山，后果不堪设想！
徐辉祖说到这里，又特别说到了朱高煦这个人，他告诉朱允炆，在他这三个外甥中，朱高煦最为勇猛过人也最为无赖，他不但不会忠于陛下，也不会忠于他的父亲！
朱允炆最后还是没有听从徐辉祖的话，作出决定，放走了朱高炽三兄弟。
黄子澄的放过朱棣三子，同时迟迟没对朱棣下手，都是丝毫没有见识的做法，一是放虎归山，一是让朱棣做足准备！
相对比黄子澄，齐泰毕竟是朱元璋看中的人，还是比他有点见识，知道不能放朱棣三子回去。
齐泰，明溧水人。他在洪武十七年举应天乡试第一，次年成进士。
洪武二十八年，公元1395年擢兵部左侍郎。
朱元璋临终，召授顾命，辅皇太孙。
朱允炆继位，命与黄子澄同参国政，不久晋为兵部尚书，建议削藩。
他在看到朱棣势大后，请求削燕王属籍，声罪致讨，力主伐燕。