会稽王司马昱为了压制他，让扬州刺史殷浩参与朝政，以期对桓温有所抑制。
桓温很不满，但因熟知殷浩为人，知道他难有作为，对此并不担心。当时，桓温治下有八州之地，自行招募军卒、调配资源，逐渐形成半独立状态，渐露不臣之心。
永和五年（公元349），后赵皇帝石虎病死，北方形势大乱。
桓温又看到了立功的机会，知道灭了后赵的话，自己威望更高！当下上疏朝廷，请求北伐。
朝廷的人又不傻，自然知道他的心思了，当下没有回复。
永和七年（公元351年）十二月，桓温索性来个“拜表辄行”，不等朝廷回复，率五万大军顺流而下，至武昌而止。
朝廷得知之后，顿时惊恐不安，没想到桓温胆大妄为到这种程度！
殷浩自觉没能力控制桓温，打算辞官避让。
司马昱立即写信给桓温，极力劝阻，要求桓温率军还镇，返回荆州。
朝廷为了安抚桓温，当下拜他为太尉。
桓温的野心远不止太尉，当下拒绝。
朝廷为了不让桓温擅自北伐，当下派殷浩数次进攻前秦，想占据洛阳，修复园陵，哪里知道屡次战败，军需物资更被掠夺殆尽，朝野怨恨不已。
永和十年（公元354年）正月，桓温上奏朝廷，列举殷浩罪状，迫使朝廷将殷浩废为庶人。自此，朝廷内外大权尽归桓温，朝中已无人再能阻止桓温北伐。
永和十年（公元354年）二月，桓温率军北伐前秦。他亲率步骑四万自江陵出发，由水路自襄阳入均口，然后自淅川直趋武关，同时命梁州刺史司马勋兵出子午道，合击秦军。晋军历经数次血战，生擒前秦将领郭敬，击退淮南王苻生，顺利进入关中。
前秦皇帝苻健命苻苌、苻雄、苻菁等将领率五万军队屯兵峣柳，以阻挡晋军。
同年四月，桓温转战至灞上。苻苌等部秦军退守长安城南，苻健自领羸兵六千固守内城，附近郡县更是纷纷来降。桓温抚喻百姓，使其安居复业。关中百姓牵牛担酒沿路迎接，许多老人更是疼哭失声：“没想过今天还能再次见到官军！”
桓温进入关中时，正值麦收时节，他就打算就地收麦，以解决军粮问题，于是屯兵不前。苻健闻听晋军收粮，猜到恒温军中粮草不足，于是采取坚壁清野的方式，使得晋军粮秣不继。六月，桓温被迫撤返江陵，并将关中三千多户百姓一同迁走。秦军随后趁势追击，晋军大败，伤亡甚众。
桓温也是在这个期间见到了王猛，他任命王猛为高官督护，要求王猛一起南下。可惜王猛却不肯跟随，留在了北方。
桓温此次北伐失败，要是带走了王猛，相信后来的局面，肯定会不一样了。可惜的是，王猛把桓温看透了，知道他不是什么善茬，跟着他，最后只会落得个身败名裂的下场。
桓温见攻打前秦是没戏了，当下转而攻打前燕。
太和四年（公元369年）四月，桓温亲率步骑五万，与江州刺史桓冲、豫州刺史袁真一同北伐前燕。
他这一次进攻，我们在前面说前燕的时候也说了，慕容垂临危站出来，把桓温击败。
他兵败后，退至山阳，收集散卒，并将战败之罪委于袁真。他上疏朝廷，请废袁真为庶人。
他这个做法，真是大大折损了他名将的名头，比起诸葛亮来，那要差得天壤之别。诸葛亮在马谡失了街亭，导致北伐失败，他没有把全部责任推在马谡的头上，而是上表承担责任，自贬三级。
这才是有担当，有责任的做法。
桓温一遇到失败，却只会找人背锅。
袁真不是喜欢背锅的人，当下把锅一掀，发出怒吼：老子不服！于是，据寿春叛变，并暗中勾结前秦、前燕。
这就是找人背锅的后果！
朝廷自然不敢追究桓温的兵败之责，为了安抚他，还派侍中罗含带着牛酒到山阳犒劳桓温，并任命其子桓熙为豫州刺史。
桓温原先把前秦和前燕看成大敌的，如今袁真一反叛，成了他的大敌。
太和五年（公元370年）二月，袁真病死，部将朱辅拥立其子袁瑾为豫州刺史。
桓温一看，复仇的机会出来了，当下带兵前去消灭袁瑾。
前燕、前秦都派遣军援助袁瑾，先后被桓温击败。
不久，桓温攻破寿春，俘获袁瑾，同时将袁瑾、朱辅及其宗族数十人全部送往建康斩首。袁瑾妻女被赏赐将士，所侍养的数百乞活军则被他活埋。
从此，豫州彻底落入桓温之手，他的势力就更加强大了起来，野心也就更大了！
他在寿春之战后，曾问郗超道：“这次胜利能雪枋头兵败之耻吗？”
郗超则表示不能，因为击败袁瑾，那是属于内部斗争，功劳不大。
他建议桓温不如来个威震百官，搞个大事件出来，这样一来，他的威望