之后，则将以每年招收一届的方式，从军中和地方分别招收四百名学生，进行为期两年和四年的初级指挥专业的培训。
从军中招收的初级指挥学员，接受为期两年的指挥训练，民间招收的，则将接受四年的军事指挥培训。
所有军中和民间的学员，考核合格后，都将以预备军官的名义，挂红牌肩章，无军衔标志，在军中进行为期一年的实习。
一年的实习期满后，便可授予中尉军衔，成为皇家陆军中的一名光荣的中尉军官！
最短都需要三年的皇家陆军指挥学院的正规培训，才能够获得中尉军衔的初级指挥班，又被称为长期班。
而在长期班之外，为了更快的完成军事编制改革，将旧有的低级（把总以下）军官，尽快的转变为皇家陆军军官，在长期班之外，还开设有为期半年的短期班。
短期班学员，不招收民间学员，也不招收普通军卒学员，只招收旧式军队中的把总、总旗和小旗等低级军官，进行半年的指挥专业的培训后，考核合格后，将直接被授予少尉军衔，担任皇家陆军中的排长一级的指挥官。
而在初级指挥官培训班之外，还有中级指挥官培训班。
中级指挥官，培训皇家陆军的旅团一级指挥官，从营级指挥官，晋升团级指挥官时，必须接受为期半年的中级指挥官培训班的培训，考核合格后，才能够获得正式的任命。
学员以军中的选拔和自愿申请的方式招收，军中选拔主要集中在皇家陆军之中，在获得中级指挥官（主要是团级）的任命后，必须接受中级指挥官培训班的培训，然后才能上任。
而自愿申请，则主要针对皇家陆军之外的其他兵营、地方卫所的千总及游击将军一级的将校，以自愿为原则，提出申请。
经过皇家陆军指挥学院的考核之后，获得入学资格，跟皇家陆军中的团级指挥官一同接受训练，毕业之后，可以选择继续留在老部队，也可以提出申请，进入皇家陆军中任职。
按照明初设置的卫所军户，大明军户足有百万之众，这么多‘明军’，要全部整编成新式陆军，自然是不可能的。能够获得大明皇家陆军称号的部队，也绝对不会超过十个师。
按照朱由检的构想，有十个皇家陆军师二十多万人，再加上御营六师和羽林亲兵卫，陆军总兵力，也将达到三十多万人！
有这三十多万的新式陆军，要镇压内乱，扫平边疆女真鞑子、蒙古部落，几乎不会存在任何的悬念！
至少，在以明帝国现有的疆土为起点，往周围辐射三千里，是绝对不会遇上任何的可以作为皇家陆军的对手的敌人！
至于其他的以地方卫所兵为主的旧式明军，最终的结果只会是解散或者被改编。
而且，就算是改编，那些旧式明军，也几乎不可能再得到皇家陆军师的番号，更多的可能，还是作为国民警卫队之类存在的地方军警部队，主要承担地方守备的任务，并接受少量的低烈度的战争任务。
至于海军，在没有跟西班牙（包括葡萄牙）王国、尼德兰共和国、法兰西王国、英格兰王国等西方海上强国接触前，在明帝国周围，也基本上不会出现太强大的海上强敌。
当然，按照朱由检的计划，在未来十年之内，朱由检是绝对要建立起一支皇家海军的。
现有的张可大的津鲁舰队、郑芝龙的莱州舰队以及毛文龙的江浙舰队和东南闽广一带的郑芝豹等人统领的郑家舰队，这些零零散散的属于或者不属于明帝国的舰队，要么接受帝国的改编，要么，被歼灭！
十年后，纵横在大明帝国沿海的，只可能是以大明皇家海军为旗号的皇家舰队，而这支舰队的实力，也是以能够整体歼灭郑芝龙的郑家舰队，扫荡整个帝国沿海海域为目标的！
郑芝龙的郑家舰队，是以东南闽广海商船队，接受招安，整体改编的，现在虽然顶着朝廷水师的名义，而且被一分为二，分成了南北两个部分。
但是，北边驻扎在莱州威海卫外海刘公岛中的郑芝龙的登莱水师舰队分舰队，私下里，却依然跟辽东鞑子往来过密，甚至完全代替了之前被朝廷封杀的山西晋商，成为了与辽东鞑子往来贸易的最大的一股走私势力！
军中的密探，锦衣卫密谍以及宫中的情报组织的密谍人员，都有顺利地安插到郑芝龙身边，将郑芝龙这一年来在莱州的所作所为，事无巨细地禀报给朱由检。
对于郑芝龙与女真鞑子进行走私贸易一事，朱由检自然也是一清二楚的，只不过因为担心引起沿海震荡，或者逼反了郑芝龙，使之狗急跳墙，甚至直接引兵投降了女真鞑子，朱由检才在没有绝对的把握下，只能采取睁一只眼闭一只眼的策略，全当不知道有这么一回事罢了。
不过，郑芝龙的事，早晚都要解决，朱由检也绝对不可能一直放任自流