年，在汤姆里德尔的日记的影响之下，金妮韦斯莱被汤姆里德尔的记忆迷惑，密室由金妮韦斯莱第二次打开。密室中的怪物袭击并石化了四名麻瓜出身的学生、格兰芬多幽灵“差点没头的尼克”和哑炮管理员阿格斯费尔奇的猫洛丽丝夫人。原来是卢修斯马尔福偷偷将汤姆里德尔的日记放在她的变形术课本里，借此诬陷她的父亲亚瑟韦斯莱，使亚瑟韦斯莱出台的麻瓜保护法被否决。但是，哈利波特和罗恩韦斯莱发现了真相。哈利波特摧毁了日记，杀死了密室中的蛇怪，还救出了被汤姆里德尔的记忆控制进入密室的金妮韦斯莱。而在校医波比庞弗雷夫人和草药学教师波莫娜斯普劳特教授的帮助下，所有被蛇怪石化的人、幽灵和动物都被成功救活。
年，由于魔法部认为小天狼星布莱克逃出巫师监狱阿兹卡班是为了潜入霍格沃茨杀死哈利波特，所以派遣大批摄魂怪进驻霍格沃茨，而霍格沃茨本身也加强了各种安全措施。但小天狼星布莱克仍然潜入因为小天狼星布莱克是阿尼玛格斯，并躲藏在霍格莫德的尖叫棚屋。之后哈利波特、罗恩韦斯莱、赫敏格兰杰三人同当时的黑魔法防御术教授莱姆斯卢平狼人发现小天狼星布莱克是无辜的，真正出卖了哈利波特父母的泄密者是小矮星彼得阿尼玛格斯，哈利波特等人抓住了变成老鼠斑斑的小矮星彼得，但当时恰好是月圆之夜，莱姆斯卢平变身成为狼人，小矮星彼得乘机逃走。后来魔药学教授西弗勒斯斯内普苏醒后，将哈利波特等三人和小天狼星布莱克运回城堡，准备将小天狼星布莱克交给摄魂怪进行“亲吻”。但是校长阿不思邓布利多教授相信了哈利波特和赫敏格兰杰的说辞，让两人通过时间转换器回到过去，救下将被处决的鹰头马身有翼兽巴克比克。随后哈利波特用呼神护卫驱逐了大批摄魂怪，救了原来的自己，又和赫敏格兰杰一起骑上巴克比克，救出小天狼星布莱克，让他骑着巴克比克逃走了。
4年，三强争霸赛复办，其中加上了额外几项安全措施，最重要的一项是年龄未满周岁的学生一律不得参赛。但是，小巴蒂克劳奇利用复方汤剂伪装成时任黑魔法防御术的教授阿拉斯托穆迪，将真阿拉斯托穆迪塞进了他自己的行李箱里。小巴蒂克劳奇用混淆咒迷惑了火焰杯，将哈利波特的名字投入火焰杯中，并使他被火焰杯选上。结果，哈利波特成为了第四个参赛者，同时面对布斯巴顿魔法学校学生、德姆斯特朗魔法学校学生及许多霍格沃茨学生的憎恶。小巴蒂克劳奇利用种种手段帮助哈利波特赢得比赛，最后将三强杯变成门钥匙，使哈利波特和霍格沃茨另外一位勇士塞德里克迪戈里一触摸奖杯就被送到伏地魔手上。塞德里克迪戈里惨遭小矮星彼得的杀害，而伏地魔成功利用哈利波特的血液制成特殊魔药重新恢复肉身。经过一番恶斗后，哈利波特把塞德里克迪戈里的遗体带回霍格沃茨学校，小巴蒂克劳奇见状，意图杀害哈利波特，结果被阿不思邓布利多击昏。哈利波特的陈述和小巴蒂克劳奇的供词使阿不思邓布利多知晓了伏地魔成功恢复肉身的消息，但魔法部长康奈利福吉却拒绝相信，导致阿不思邓布利多和康奈利福吉决裂。
年，魔法部开始诋毁、抹黑阿不思邓布利多。多洛雷斯乌姆里奇，新任黑魔法防御术教师，是这个计划的中心。按照魔法部的指令，多洛雷斯乌姆里奇在黑魔法防御术教学中，拒绝向学生教授防御符咒的内容，同时蓄意惩罚哈利波特。在赫敏格兰杰的谋划下，哈利波特成立了邓布利多军简称，带领一些学生学习被魔法部禁止学生学习的防御符咒。在一连串的教育令之下，多洛雷斯乌姆里奇出任霍格沃茨高级调查官，慢慢地接管了霍格沃茨学校的各项事务。由于内部成员的背叛，多洛雷斯乌姆里奇抓住了的领头人哈利波特，阿不思邓布利多替哈利波特揽下罪责并逃离霍格沃茨。魔法部通缉阿不思邓布利多，并由多洛雷斯乌姆里奇替换阿不思邓布利多成为校长但未被学校承认，导致多洛雷斯乌姆里奇无法进入校长办公室。之后，她在禁林被马人攻击并虏获。神秘事务司之战后，魔法部长康奈利福吉接受伏地魔回来了的事实，多洛雷斯乌姆里奇被停职，阿不思邓布利多重任校长。
年，魔法界的形势十分严峻，伏地魔麾下的食死徒公开进行活动，谋杀、失踪和破坏时常发生。几名食死徒在霍格沃茨六年级学生德拉科马尔福的安排下进入了学校，攻击了学生和老师。校长阿不思邓布利多被西弗勒斯斯内普杀死西弗勒斯斯内普是遵照了阿不思邓布利多的指令。出于安全的原因，学校面临着被关闭的危险。
年，西弗勒斯斯内普按照伏地魔的指令成为校长，学校继续上课。
不管学校董事会后来作出了什么